La Época Moderna y Contemporánea

La presencia de la Inquisición en la Aljafería, donde permanecerá hasta 1706, condicionó las modificaciones iniciadas en la misma bajo el reinado de Felipe II. La llegada de Antonio Pérez a Zaragoza, secretario del rey acusado por éste de asesinato, creó un grave conflicto de competencias con los representantes del rey, quienes, con total omisión de las prerrogativas contempladas en los Fueros, encarcelaron al Secretario de Estado en los calabozos que el Tribunal del Santo Oficio tenía en la Aljafería. La huida de Antonio Pérez tuvo un trágico final que desembocó en el arresto y ejecución de Juan V de Lanuza, Justicia Mayor de Aragón.

Tras estos acontecimientos, Felipe II se planteó un nuevo proyecto de fortificación del palacio para evitar en lo sucesivo levantamientos como los vividos, en los que los zaragozanos, viendo ultrajados sus derechos asaltaron las mazmorras en las que se encontraba Antonio Pérez.

De las innovaciones introducidas en el proyecto que el arquitecto Tiburcio Spanochi diseñó para el rey se conserva el foso.

El inicio de la Guerra de Sucesión, en 1701, trae consigo la instauración de la dinastía borbónica en España. El conflicto lleva a Felipe V a habilitar la Aljafería como cuartel para las tropas, para lo cual se hicieron en ella grandes reformas que continuarían con Carlos III.

La Guerra de la Independencia contra los franceses ocasionó graves destrozos tanto en Zaragoza como en el palacio, que se convirtió en un importante enclave defensivo. Tras la retirada de las tropas invasoras fue necesario demoler parte de las instalaciones que edificara Felipe II y cubrir el foso que lo circunda.

Hacia 1848 y ante el gravísimo estado de abandono de la Aljafería, se crea una Junta de Conservación que, si bien no daría mucho resultado, era un intento para recuperar el monumento, cuya Primera llamada de atención en ese sentido la había dado don Mariano Nougués en 1846.

Catorce años más tarde, el palacio pasa a pertenecer al Ministerio de la Guerra.

Este cambio no fue en absoluto beneficioso por cuanto las posibilidades de mantenimiento como monumento artístico quedaron totalmente limitadas. Se inició un proyecto para su total conversión en acuartelamiento, lo que significaba demoler la casi totalidad de los restos conservados. Afortunadamente, la Comisión de Monumentos de Zaragoza logró poner a salvo numerosas piezas de arte, entregándolas al Museo Provincial de Bellas Artes de Zaragoza y al Museo Arqueológico Nacional de Madrid.