Con las comarcas creadas y constituido el órgano de gobierno de cada una, se produjo el traspaso de funciones y servicios para que aquellas asumieran las competencias atribuidas por ley mediante Decretos del Gobierno de Aragón que aprobaban los acuerdos de las respectivas Comisiones Mixtas de transferencias entre la Comunidad Autónoma de Aragón y las Comarcas.

Las materias objeto de transferencia en un primer bloque fueron: Acción Social, Cultura, Patrimonio cultural y tradiciones populares, Deporte, Juventud, Promoción del turismo, Servicios de recogida y tratamiento de residuos urbanos y Protección civil y prevención y extinción de incendios.

Realizados los primeros traspasos, para garantizar la colaboración entre las administraciones, se creó el Consejo de Cooperación Comarcal por Decreto 345/2002, de 5 de noviembre, del Gobierno de Aragón. Este órgano, compuesto por representantes del Gobierno de Aragón y de las comarcas, tiene carácter consultivo, deliberante y de cooperación entre ambos.

La experiencia adquirida en la gestión de las funciones y servicios ya traspasados por los decretos, y la nueva redacción en leyes sectoriales de competencias ya transferidas planteó la conveniencia de elaborar, en un único decreto, un texto común con el fin de concretar las actuaciones que corresponden a las administraciones autonómica y comarcales, así como las relaciones entre ambas en el ejercicio de las competencias. De esta manera se ha llegado al Decreto 4/2005, del Gobierno de Aragón, por el que se modifican los anteriores decretos de transferencias.

En cuanto al resto de materias sobre las que la ley reconoce competencias comarcales, el traspaso se realizará paulatinamente; el Texto Refundido de la Ley de Comarcalización, Decreto Legislativo 1/2006, habla de ritmos de transferencias, pudiendo el Gobierno fijar plazos para la negociación. Esas materias pendientes son: Protección del medio ambiente, Transportes, Ordenación del territorio y urbanismo, Artesanía, Ferias y mercados comarcales, Protección de los consumidores y usuarios, Sanidad y salubridad pública, Agricultura, ganadería y montes, Energía, promoción y gestión industrial y Enseñanza.