La iglesia de San Miguel Arcángel de Alfajarín está construida con ladrillo y yeso. Cuenta con una nave única de cuatro tramos con testero recto, con capillas entre los contrafuertes y una tribuna sobre éstas. Lo más notable lo encontramos en su hastial occidental, parcialmente oculto por el pórtico, decorado con paños de sebka de rombos mixtilíneos. La torre campanario, situada a los pies, es de dos cuerpos, un cuerpo bajo de planta cuadrada al que se superpone un cuerpo octogonal, resolviéndose el paso entre los cuerpos mediante torreoncillos de ángulo. Es de tipo alminar con escalera intramural cubierta por aproximación de hiladas; decorada con frisos de esquinillas y dos grandes paños de sebqa a base de arcos mixtilíneos entrecruzados y rombos respectivamente; esta decoración continúa en el exterior del hastial de la iglesia. Construida en el siglo XII sobre la mezquita zagrí original, que es reutilizada como iglesia cristiana. En el siglo XIII se remodeló la mezquita para su nueva función cristiana. En el siglo XIV se recrece la nave principal (iglesia fortaleza) y se construye el hastial occidental y la torre. En el Siglo XV se reconstruye el cuerpo superior de la torre por los maestros Mahoma Monferriz y Audalla de Brea en 1486, y se construye la galería aragonesa.
Durante los siglos XVII-XVIII se lleva a cabo la reforma barroca con la sustitución de las bóvedas medievales por las actuales de medio cañón con lunetos, ampliación del presbiterio y de las naves de la iglesia y transformación de las capillas laterales del lado de la Epístola en nave lateral, y la construcción del atrio oval.
